久草视频一区I久操视频在线I黄色大全视频I色综合久久久I高清不卡一区二区三区I国产色在线视频I国产日韩欧美在线看

離子液體模擬力場如何選擇(opls-aa)?

2020-07-08 05:56:12 adman 1590

問:

因為opls_aa力場中有專門的離子液體的力場而選。用的lammps軟件。在模擬中,問題好多,跑著跑著,原子就會missing。初始位置,分子間隔的挺遠,大約10埃,我dump force后發現,力都好大,不清楚啥個原因。
   打算換個力場試試,不知哪個力場好點。


答1:

是用Pauda他們組的力場嗎?二面角只有三個參數v1,v2,v3。我現在是剛開始研究這個,這個問題已經困了我好幾天了,一直沒找出啥問題來。希望你花一點點時間看看我的輸入文件吧。
LAMMPS input file

units           real
boundary        p p p

atom_style      full       #uncharged molecules, with bond, angle, dihedral, improper dihedral
bond_style      harmonic
angle_style     harmonic
dihedral_style  opls
pair_style      lj/cut/coul/long  12
pair_modify     mix geometric tail yes
kspace_style    ewald 1.0e-4

#read_restart    restart.mix.*
read_data        data.il
#read_restart restart.mix.*

#fix 1 all shake 0.0001 20 10 b 3
neighbor        2.0 bin
neigh_modify  delay 3  every 1 check yes  #delay 3

fix 2 all langevin 300.0 300.0 0.2 48279
fix 3 all nve  (文獻上說可以先布朗運動下,所以我也設置了了一下)

timestep        0.1
dump           1 all  custom 20000 dump.atom.*.lammpstrj xu yu zu
dump           2 all custom 20000 dump.force.* id mol type element fx fy fz
dump_modify     1 flush yes
dump_modify     2 flush yes

thermo_style    custom step temp press  etotal vol lx ly lz
thermo          1000
thermo_modify   flush yes


run  1000000
我是做的(mmpy)(tsfi)這個分子,就兩對分子。我真的不知道哪里有問題。。。


答2:

我在nve系綜下跑的minimize。我的參數是
minimize 1.0e-4 1.0e-6 100 1000
min_style hftn
min_modify dmax 0.2

我的結果是:(我從log里面拷出來的)

minimize 1.0e-4 1.0e-6 100 1000
WARNING: Resetting reneighboring criteria during minimization (min.cpp:167)
Ewald initialization ...
  G vector = 0.227629
  vectors: actual 1d max = 2748 10 4630
Memory usage per processor = 24.4557 Mbytes
Step Temp E_pair E_mol TotEng Press
       0            0    161.97025    59.620071    221.59032   -139.69835
      52            0    139.99619    32.197295    172.19348   -13.155359
Loop time of 0.369925 on 48 procs for 52 steps with 72 atoms

Minimization stats:
  Stopping criterion = energy tolerance
  Energy initial, next-to-last, final =
         221.590316114      172.205685403      172.193484683
  Force two-norm initial, final = 334.999 8.36533
  Force max component initial, final = 89.5407 2.13135
  Final line search alpha, max atom move = 0.000551252 0.00117491
  Iterations, force evaluations = 52 255

Pair  time (%) = 0.000742118 (0.200613)
Bond  time (%) = 0.000933076 (0.252234)
Kspce time (%) = 0.182548 (49.3473)
Neigh time (%) = 0 (0)
Comm  time (%) = 0.176163 (47.6214)
Outpt time (%) = 0 (0)
Other time (%) = 0.00953816 (2.57841)

Nlocal:    1.5 ave 21 max 0 min
Histogram: 44 0 0 0 0 0 1 1 0 2
Nghost:    38.5625 ave 72 max 0 min
Histogram: 12 0 0 3 6 3 7 2 1 14
Neighs:    27.2708 ave 471 max 0 min
Histogram: 44 0 0 0 2 0 0 0 1 1

Total # of neighbors = 1309
Ave neighs/atom = 18.1806
Ave special neighs/atom = 10.2222
Neighbor list builds = 0
Dangerous builds = 0
min_style hftn
min_modify dmax 0.2


默尼化工科技(上海)有限公司

致力于離子液體(ILs)研發生產、應用推廣和全球銷售,擁有自主知識產權生產技術,產品質量和一致性因此得到保障,Tel:021-38228895



標簽:   離子液體 力場模擬
主站蜘蛛池模板: 色狠狠久久av五月综合 | 91久久99热青草国产 | 伊人久久精品成人网 | 久久6699精品国产人妻 | 一级aaaaaa毛片免费 | 老司机精品视频个人在观看 | 日本黄色激情 | 91久久久久久久一区二区 | 日本xxxx色视频在线观看 | 日韩精品一区二区三区在线观看 | 欧美激情视频网站 | 亚洲第一精品福利 | 中文字幕人妻无码系列第三区 | 日日操免费视频 | 视频一区二区三区免费观看 | 亚洲精品国产字幕久久不卡 | 久久视频在线免费观看 | 久久久久女人精品毛片 | 国产高清精品一区 | 美女视频黄频大全免费 | 日韩一区二区av | 欧美一级一级 | 波多野结衣一区二区三区高清av | 日本精品二区 | 日本肥老妇色xxxxx日本老妇 | 国产日韩精品入口 | 黑色丝袜美女被视频网站 | 五月天婷婷久久 | 国产精品国产精品国产专区不卡 | 欧美大片在线看免费观看 | 蜜桃av一区二区三区 | 欧美爽爽爽爽爽爽视频 | 播五月婷婷 | 又色又爽又高潮免费视频国产 | 小凤仙的故事 电视剧 | 亚洲视频在线看 | 亚洲精品国产suv一区88 | 丝袜捆绑调教视频免费区 | 亚洲精品一区二区三区不 | 日产一卡二卡乱码免费 | 区二区欧美性插b在线视频网站 | 日韩一区中文字幕 | 日韩成人高清 | 成人免费视频一区 | 日产精品久久久久久久性色 | 少妇伦子伦情品无吗 | 欧美一级高潮片免费的 | 99超级碰碰成人香蕉网 | av免费在线观看网站 | 精品国产不卡一区二区三区 | 91色在线| 成人网在线观看 | 国产又黄又大又粗视频 | 一边摸一边做爽的视频17国产 | 成人黄色免费在线观看 | 精品欧美一区二区精品久久久 | av在线播放亚洲 | 欧美成人一区二免费视频软件 | 国产又爽又猛又粗的视频a片 | 久久受www免费人成看片 | 日本丰满少妇裸体自慰 | 日韩欧群交p片内射中文 | 亚洲成av人片在线观看www | 午夜人成 | 亚洲熟妇丰满多毛xxxx | 国产成人久久婷婷精品流白浆 | 亚洲精品一区国产 | 亚洲第一成人影院 | 两个黑人大战嫩白金发美女 | 国产在线精品一区二区三区直播 | 中文无码成人免费视频在线观看 | 久久一er精这里有精品 | 97风流梦电影 | 久久精品国产精品青草图片 | 国产精品久久久久久久久久久久午夜片 | 无码人妻av免费一区二区三区 | 国产麻豆剧果冻传媒星空视频 | 精品国产性色无码av网站 | 奇米影视亚洲四色8888 | 天天撸影院| 免费精品99久久国产综合精品 | 99久久综合给久久精品 | 色综合天天射 | 国产无遮挡吃胸膜奶免费看 | 殴美黄色大片 | 91小视频在线观看免费版高清 | 国产欧美精品一区二区三区 | 国产精品天天天天影视 | 日本高清在线看片免费视频 | 欧美精品一区二区三区在线 | 精品人妻中文字幕有码在线 | 无码少妇a片一区二区三区 无码少妇精品一区二区免费动态 | 国产高清国产精品国产专区 | 亚洲欧美在线看 | 性欧美丰满熟妇xxxx性久久久 | 一本大道香蕉中文日本不卡高清二区 | 成人免费一区二区三区视频网站 | 欧美精品1区2区 | 黑色丝袜美女被狂躁 |